Việc loại bỏ bệnh truyền nhiễm khỏi quần thể heo đã được biết đến là sẽ đóng góp vào sức khỏe tổng thể của cả đàn, cải thiện phúc lợi động vật và giảm mối lo ngại về tình trạng kháng kháng sinh nhờ hạn chế sử dụng kháng sinh. Ngoài ra, đàn gia súc khỏe mạnh sẽ có khả năng thể hiện tiềm năng di truyền của chúng vì năng suất sinh sản và tăng trưởng sẽ được tối ưu hóa. Quyết định loại bỏ mầm bệnh khỏi đàn phải được suy nghĩ cẩn trọng vì còn một số yếu tố cần được xem xét.
Loại bỏ vi rút gây hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở trên heo (vi rút PRRS) khỏi đàn heo giống và đàn heo thịt là một phương pháp luôn sẵn có; tuy nhiên, việc triển khai sẽ khó khăn hơn đối với một số trang trại. Việc loại bỏ vi rút PRRS trong đàn heo giống có thể đạt được thông qua các phương pháp khác nhau như giảm đàn/tái đàn hoặc đóng đàn. Đầu tiên về cơ bản là cần loại bỏ tất cả heo khỏi trang trại, sau đó là làm sạch và khử trùng chuồng trại nghiêm ngặt cùng với việc loại bỏ các nguồn cung cấp có khả năng bị ô nhiễm và đóng vai trò là vật gây bệnh (ví dụ: kim tiêm, chai thuốc tiêm đã mở, ủng, quần áo bảo hộ). Sau khi loại bỏ hết heo, toàn bộ quần thể heo mới không nhiễm vi rút PRRS sẽ được đưa vào. Mặt khác, đóng đàn có lẽ là cách được sử dụng phổ biến nhất và đó là việc ngừng đưa heo nái hậu bị vào đàn (kể cả heo được sinh ra tại trang trại hoặc có nguồn gốc từ bên ngoài) trong một khoảng thời gian cho đến khi khả năng miễn dịch hình thành, sự lây truyền trong đàn chấm dứt; heo con được sinh ra và cai sữa đều âm tính với vi rút PRRS, thì tại thời điểm đó những con heo nái hậu bị âm tính với vi rút PRRS (không phơi nhiễm) có thể được đưa vào đàn. Cả hai phương pháp đều cố gắng thiết lập một quần thể thực sự không có vi rút PRRS.
Một số yếu tố cần xem xét khi loại bỏ vi rút PRRS là vị trí đàn, chủng vi rút, chương trình an toàn sinh học và sự tuân thủ.
Mục tiêu ban đầu đối với các đàn heo giống là liên tục cai sữa heo không bị nhiễm vi rút PRRS để năng suất sau cai sữa của chúng có một khởi đầu tốt, tiếp theo là thiết lập một đàn có huyết thanh âm tính (không bao giờ phơi nhiễm vi rút).
Nếu đàn heo giống ở vùng có mật độ cao và nguy cơ xâm nhập hoặc tái xâm nhập cao, việc loại bỏ vi rút PRRS có thể không được như mong muốn. Trong trường hợp này, điều có thể làm được là duy trì một số mức độ miễn dịch trong đàn heo giống. Phương pháp tiếp cận thông thường là sử dụng vắc-xin sống đã điều chỉnh độc lực hoặc cố tình để những con hậu bị mới tiếp xúc với vi rút đang lưu hành tại trại trong khi cách ly và sau đó cho phép chúng phục hồi và ngưng phát tán vi rút trước khi nhập đàn. Tuy vậy, vẫn có thể theo đuổi những nỗ lực hướng tới việc đảm bảo rằng đàn heo cai sữa không mang vi rút trong khi đàn heo giống vẫn duy trì khả năng miễn dịch thông qua việc đưa những con nái hậu bị đã phơi nhiễm trước đó nhập đàn, dựa trên cơ sở miễn dịch trước đó sẽ giúp giảm thiểu các dấu hiệu lâm sàng nếu một vi rút bên ngoài xâm nhập vào đàn. Khi phương pháp này được thực hiện, các nhà chăn nuôi và bác sĩ thú y sẽ kiểm soát chứ không loại bỏ. Bất kể nhà chăn nuôi và bác sĩ thú y quyết định loại bỏ hay kiểm soát, thì chương trình an toàn sinh học nên được áp dụng để tránh không chỉ sự xâm nhập của các chủng vi rút PRRS khác mà cả các tác nhân gây bệnh khác.
Quyết định loại bỏ hoặc kiểm soát sẽ phụ thuộc vào rủi ro được đánh giá. Tuy nhiên, các biện pháp an toàn sinh học được thực hiện để giảm rủi ro đối với vi rút PRRS không chỉ có lợi ích cho việc kiểm soát vi rút PRRS mà còn giúp kiểm soát và loại bỏ các bệnh truyền nhiễm khác, cho phép heo thể hiện khả năng di truyền của chúng và đạt năng xuất như mong đợi.