Se realizó una caracterización adicional y se seleccionaron aleatoriamente 120 aislados del SIV de cada año desde 1998 a 2000. De estos 480 aislados un 67,1% pertenecían al subtipo H1N1, un 4,6% al H1N2 y un 26,9% al H3N2 mientras que sólo un 1,5% de las muestras contenían los virus H1N1 y H3N2. El subtipo del SIV H1N2 fue aislado a partir de 1, 8 y 13 muestras recogidas en 1999, 2000 y 2001, respectivamente. Los 22 aislados de H1N2 procedían de 9 estados diferentes. El estudio genético de los genes HA de 12 aislados H1N2 mostraron que 8 de ellos se encontraban relacionadas filogenéticamente con el aislado de Indiana (A/Swine/Indiana/9K035/99) mientras que los 4 restantes se relacionaron con el SIV clásico H1N1.
Y.K. Choi, S.M. Goyal, H.S. Joo. Prevalence of swine influenza virus subtypes on swine farms in the United States. Archives of Virology. Vol. 147 (6). 2002. Pag. 1209 - 1220.