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Los marcadores moleculares se han empleado satisfactoriamente para distinguir especies ganaderas y razas no muy relacionadas, por ejemplo a partir de la metodología de agrupamiento. Sin embargo, la diferenciación entre individuos puros y cruzados podría ser un objetivo interesante que ha sido escasamente explorado.
En este estudio se evalúan tres métodos de agrupamiento para detectar individuos cruzados y separarlos de los individuos puros. Se utilizaron datos reales de microsatélites de Ibérico y Duroc como ejemplo. También se evaluaron individuos simulados F1 y retrocruces de Ibérico y de Duroc obtenidos a partir de los microsatélites reales.
Los resultados de este estudio indican que los métodos de agrupamiento presentaron una capacidad reducida para detectar las subpoblaciones originales (raza Ibérica, raza Duroc, F1, retrocruce de Ibérico y retrocruce de Duroc). Las razones de este comportamiento pueden ser la ausencia de equilibrio de Hardy-Weinberg y de ligamiento dentro de subpoblaciones y el hecho de que el grupo Ibérico está formado por individuos pertenecientes a distintas variedades.
Para evaluar la influencia de estos factores se realizó un procedimiento de aleatorización de alelos dentro de cada subpoblación. Después de este procedimiento, ninguno de los métodos proporcionó los cinco grupos, pero el algoritmo implementado en BAPS (Bayesian analysis of population structure) proporcionó una partición en la que los individuos Ibéricos puros eran separados de los demás.
Se puede concluir que la ausencia de homogeneidad dentro de grupos es la causa principal de la reducida precisión de los métodos de agrupamiento en la separación de individuos puros y cruzados.
S. T. Rodríguez-Ramilo et al. Spanish Journal of Agricultural Research 2010 8(2), 347-355
