Propuesta de una nueva metodología de genotipado del PCV-2

El circovirus porcino 2 (PCV-2) es una de las infecciones virales más frecuentes en cerdos, causando un impacto económico notable debido a los costos directos e indirectos de su control. Como otros virus ssDNA, el PCV-2 se caracteriza por una alta tasa de evolución, lo que lleva a la aparición de una gran cantidad de variantes con diferentes características biológicas y epidemiológicas. Con el tiempo, se han hecho varios intentos para organizar la heterogeneidad genética del PCV-2 en genotipos reconocidos. Esta categorización ha simplificado claramente las investigaciones epidemiológicas, permitiendo identificar diferentes patrones espaciales y temporales entre los genotipos. Además, también se ha planteado la hipótesis de la virulencia variable y la efectividad de la vacuna. Sin embargo, el rápido aumento en la actividad de secuenciación, junto con la alta variabilidad viral per se, ha desafiado la nomenclatura establecida previamente, conllevando a la definición de varios genotipos específicos de estudios e obstaculizando la capacidad de realizar estudios epidemiológicos comparables.

Sobre la base de estas premisas, se presenta un esquema de clasificación actualizado. Reconociendo la imposibilidad de definir un límite claro de distancia entre dos secuencias (p-distance) entre los clusters, el presente estudio propone una definición de genotipo basada en la filogenia en base a tres criterios: una p-distance intra-genotipo máxima del 13% (calculada sobre el gen ORF2), valores de bootstrap en el nodo interno correspondiente superior al 70% y al menos 15 secuencias disponibles. Este esquema permitió definir 8 genotipos (PCV-2a a PCV-2h), seis de los cuales se habían propuesto previamente. Para minimizar el inconveniente de implementar una nueva clasificación, los nombres más comunes se han mantenido en lo posible. El análisis de metadatos asociados a secuencias destacó una actividad de secuenciación altamente desequilibrada en términos de distribución geográfica, temporal y de huésped. El escenario de epidemiología molecular del PCV-2 aparece por lo tanto caracterizado por un sesgo grave que podría conducir a asociaciones falsas entre las características genéticas y las características virales epidemiológicas/biológicas. Si bien la clasificación recomendada puede establecer un "lenguaje común" para futuros estudios, se deben hacer más esfuerzos para lograr una representación más homogénea e informativa del escenario global del PCV-2.