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En este estudio longitudinal se analizaron 5 explotaciones de producción de lechones durante un año y se recogieron 4.190 hisopos nasales individuales de tres subpoblaciones de cerdo distintas. Del total, 207 (4,9%) muestras fueron positivas para IAV mediante PCR y se aislaron 124 IAVs. Se secuenció el genoma completo de 123 aislados y se encontraron 31 H1N1, 26 H1N2, 63 H3N2 y 3 IAVs mezclados. En base a la hemaglutinina IAV se identificaron siete grupos diferentes del virus de la gripe A (VGs). La mayoría de los segmentos restantes de genes del IAV permitieron diferenciar los VGs si bien se identificó un grupo viral adicional para el segmento génico 3 (PA). Por otra parte, la co-detección de más de un IAV VG se documentó a diferentes niveles (granja, subpoblación y cerdos individuales), destacando el medio ambiente como medio potencial de recombinación del IAV. Además, en tres de las cinco granjas se detectaron aislados de IAV (n=5) con segmentos génicos de más de un VG y el 79% de todos los IAVs secuenciados contenían la firma mutacional (S31N) en el gen asociado a la resistencia al antiviral amantadina. En las granjas, los IAVs sólo se detectaron una vez mientras que en otras fueron detectados durante 283 días.
Los resultados de este estudio ilustran como se mantienen y remiten los diferentes IAV dentro de las explotaciones porcinas de producción de lechones a lo largo del tiempo, lo que muestra que la dinámica de las subpoblaciones de cerdos es importante para comprender mejor la diversidad y epidemiología de los IAV porcinos.
IMPORTANCIA: A escala mundial, los cerdos son una de las principales especies de reservorio para los virus de la influenza A (IAV) y juegan un papel clave en la transmisión de los IAVs entre especies. Además, la pandemia del IAV 2009 destacó el papel de los cerdos en la aparición de IAVs con potencial pandémico. Sin embargo, se dispone de información limitada sobre la diversidad y distribución de los IAV porcinos en las explotaciones de producción de lechones, en las que pueden surgir nuevos IAV. Este estudio muestra la compleja distribución y diversidad de los IAV entre las subpoblaciones de cerdos estudiadas. Los resultados demuestran la evolución dinámica de los IAV en las granjas de producción de lechones, crucial para mejorar las intervenciones sanitarias para reducir el riesgo de transmisión entre los cerdos y de los cerdos a las personas.
Diaz A, Marthaler D, Culhane M, Sreevatsan S, Alkhamis M, Torremorell M; Complete Genome Sequencing of Influenza A Viruses within Swine Farrow-to-Wean Farms Reveals the Emergence, Persistence, and Subsidence of Diverse Viral Genotypes; J Virol. 2017 Jun 28. pii: JVI.00745-17. doi: 10.1128/JVI.00745-17.
