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El virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (vPRRS) es un importante patógeno porcino que afecta al sector porcino mundial. El primer sistema de clasificación de linajes genéticos basado en el marco de lectura abierto 5 (ORF5) que describía la diversidad genética global del vPRRS-2 se introdujo hace más de una década. Aunque se han propuesto mejoras para el linaje predominante en los EE.UU. (linaje 1), el sistema de clasificación filogenética del vPRRS-2 a nivel internacional no se ha evaluado y actualizado a fondo desde 2010.
Métodos: En este estudio, basado en el análisis de 82 237 secuencias ORF5 globales notificadas durante 1989-2021, se clasificaron vPRRS-2 en 11 linajes genéticos (L1-L11) y 21 sublinajes (L1A-L1F, L1H-L1J, L5A-L5B, L8A-L8E, y L9A-L9E).
Resultados: El sistema de clasificación propuesto es flexible para crecer si se necesitan linajes adicionales, sublinajes o clasificaciones más granulares. Por ejemplo, para una investigación epidemiológica más detallada, L1C se dividió en cinco grupos (L1C.1‒L1C.5), correspondiendo L1C.5 a la variante L1C de reciente aparición. La comparación entre la tipificación por polimorfismo de longitud de los fragmentos de restricción (RFLP) y la clasificación filogenética reveló la inexactitud del uso de RFLP para determinar el parentesco genético del vPRRS-2 en la mayoría de los escenarios. Se determinó la homología genética de seis vacunas comerciales del vPRRS-2 con cada linaje/sublinaje y la frecuencia de detección de virus similares a los de la vacuna. Se presentó la distribución geográfica global de cada linaje/sublinaje. Se investigaron los cambios dinámicos temporales del vPRRS-2 en EE.UU. durante 1989-2021 mediante el análisis de 73 092 secuencias ORF5.
Conclusión: En resumen, este estudio mejoró la clasificación filogenética basada en el ORF5 del vPRRS-2 e investigó la distribución geográfica y los cambios temporales del vPRRS-2 a nivel de linaje/sublinaje. El sistema de clasificación refinado y los datos de epidemiología molecular de este estudio serán muy valiosos para la futura caracterización del vPRRS-2.
Yim-im W, Anderson TK, Paploski IAD, VanderWaal K, Gauger P, Krueger K, Shi S, Main R, Zhang J. Refining PRRSV-2 genetic classification based on global ORF5 sequences and investigation of their geographic distributions and temporal changes. Virology. 2023. https://doi.org/10.1128/spectrum.02916-23