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Los avances en la secuenciación del ADN han aumentado nuestra habilidad para generar grandes cantidades de información de secuencias a costos más bajos. Estos desarrollos han permitido la caracterización y la detección microbiana directamente de especímenes clínicos, conocida como secuenciación metagenómica.
Se realizó la secuenciación metagenómica viral en pools de cinco muestras nasales y fecales por procedencia (cuatro mataderos y una estación de compra de animales de desecho del sureste de los Estados Unidos). Las secuencias se montaron de novo y se analizaron por medio de BLASTN para identificar los virus presentes en ellas.
Se identificaron veintisiete virus diferentes. Se identificaron lecturas semejantes a una familia diversa de virus de DNA circular de cadena simple casi en cada muestra (47 de 50). Otros virus identificados en los cinco sitios de muestreo y en más de la mitad de las muestras fueron bocavirus, torovirus, posavirus, virus torque teno, virus IAS, picobirnavirus, y teschovirus. Los virus identificados en varios de los sitios en más del 20% de las muestras incluyeron enterovirus, parvovirus, virus de la influenza A, sapelovirus y Senecavirus A. Otros virus porcinos significativos detectados con menor frecuencia incluyeron circovirus porcino tipo 2, virus de la diarrea epidémica porcina y deltacoronavirus porcino.
En conjunto, estos resultados sugieren que la secuenciación metagenómica es una herramienta poderosa para la caracterización y detección de virus.
Hause BM, Duff JW, Scheidt A, et al. Virus detection using metagenomic sequencing of swine nasal and rectal swabs. J Swine Health Prod. 2016;24(6):304–308.