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La resistencia a los antimicrobianos (AMR) en las bacterias y la morbilidad y mortalidad humanas asociadas está aumentando. Una investigación internacional ha cuantificado y caracterizado los grupos de genes de resistencia adquiridos (resistomas) de 181 granjas de cerdos y 178 granjas avícolas de nueve países europeos (Bélgica, Bulgaria, Alemania, Dinamarca, España, Francia, Italia, Holanda y Polonia), secuenciando más de 5.000 Gb de ADN utilizando metagenómica. El estudio ha identificado la presencia de 407 genes de resistencia a antibióticos en los más de 9.000 animales analizados.
Se cuantificó la AMR adquirida utilizando la base de datos ResFinder y una segunda base de datos construida para este estudio, que consistía en genes de AMR identificados a través del análisis del ADN ambiental.
Los resistomas encontradas en cerdos y aves fueron muy diferentes en abundancia y composición. Hubo un efecto significativo del país sobre los resistomas, más en cerdos que en las aves de corral. Se observaron mayores cargas de AMR en cerdos, mientras que los resistomas en aves fueron más diversos. Se detectaron varios genes AMR críticos recientemente descritos, incluidos mcr-1 y optrA, cuya abundancia difería tanto entre especies hospedadoras como entre países. Se observó que el nivel de AMR total adquirido se asociaba con el uso de antimicrobianos específicos en ganado de cada país y que los países con patrones de uso comparables tenían resistomas similares. Sin embargo, los genes AMR determinados funcionalmente no se asociaron con el uso total de drogas.
También es relevante la homogeneidad de los resultados obtenidos en las muestras de cerdos donde en la mayoría de ellos se han encontrado genes de resistencia a tetraciclinas, macrólidos, betalactámicos y aminoglicósidos. Por el contrario, en las muestras de pollos los resultados obtenidos fueron muy heterogéneos encontrándose también genes de resistencia a los mismos antibióticos, pero en cantidades muy diferentes entre las muestras analizadas.
Patrick Munk, et al. Abundance and diversity of the faecal resistome in slaughter pigs and broilers in nine European countries. Nature Microbiology 2018. DOI: 10.1038/s41564-018-0192-9.
