Microbioma: Composición vs Función

La investigación del microbioma puede ser muy básica o específica, y para aprovechar al máximo lo que ya está disponible y allanar el camino para el futuro, es esencial distinguir entre composición—qué microorganismos están presentes—y función—qué están haciendo esos microorganismos y sus genes. Ambos conceptos son importantes para interpretar el impacto del microbioma en el animal: mientras que la composición proporciona una foto instantánea estática del ecosistema de la microbiota, la función revela su papel dinámico en la fisiología del huésped.

Comprender tanto la composición como la función se ejemplifica en la definición del núcleo del microbioma o también conocido como taxones clave—especies microbianas consistentemente encontradas en comunidades, como se ve en la figura 1. El microbioma central puede guiar estrategias para mejorar la salud porcina, porque no importa para el animal, pero puede aplicarse a la población de cerdos que tenemos en nuestros establos – esto significa que apuntamos a todos los animales y no solo a uno.

Figura 1: Núcleo del microbioma

Sin embargo, los investigadores deben considerar tanto las perspectivas composicionales como funcionales. Ciertos microorganismos pueden estar presentes sin contribuir significativamente a funciones críticas como la digestión de nutrientes o la respuesta inmunitaria. Al observar la investigación actual, el núcleo del microbioma se ha identificado en muchos rasgos productivos diferentes, sin embargo, hay una falta de aplicación que proviene de ello porque falta una hipótesis basada en la función. Para esto, necesitamos comenzar con un marco basado en evidencia antes de profundizar en un papel putativo para el microbioma, como explicó el Dr. Lyte durante el simposio de Salud Intestinal de Kemin.

La importancia de las hipótesis basadas en la función no puede subestimarse. Los estudios que solo catalogan especies microbianas corren el riesgo de ser similares a expediciones de pesca: observamos un rasgo productivo/comportamental de interés, recolectamos algunas muestras y luego pensamos que debe haber un papel para el microbioma, identificamos una relación como estadísticamente significativa y "encontramos" un papel para el microbioma. Un enfoque basado en hipótesis, centrado en cómo la actividad microbiana impacta el crecimiento de los cerdos o la resistencia a enfermedades, asegura conocimientos accionables. Este método fue ejemplificado por estudios que vinculan la función del microbioma con una mejor eficiencia de conversión alimenticia en cerdos, destacando la necesidad de estrategias de intervención específicas.

El Dr. Lyte mencionó que sin una hipótesis basada en la función, estas "expediciones de pesca" podrían llegar a conclusiones que no son necesariamente precisas o relevantes para los rasgos productivos que estamos observando. Como dice el viejo refrán, la correlación no significa causalidad.