Análisis y secuenciación genómica de un nuevo aislado de PRRSv de Ohio: el virus sigue cambiando

La caracterización genética del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRS) ha demostrado que existen dos genotipos, europeo (tipo I) y norteamericano (tipo II), que circulan actualmente en el mundo. PRRSv contiene un genoma con un tamaño de 15kb que codifica para proteínas estructurales en la secuencia 3’ terminal.

En 2013, se enviaron al Laboratorio de Diagnóstico de Enfermedades Animales del Departamento de Agricultura de Ohio 6 muestras de sangre de cerdos con enfermedades respiratorias graves de una granja de Ohio. Todas las muestras resultaron positivas para PRRSv mediante RT-PCR a tiempo real. Los valores CT de estas muestras oscilaban entre 15.85 y 28.38. El aislamiento del virus se realizó utilizando la línea celular MARC-145. Se observó un efecto citopático tras 4 días post-inoculación. La secuenciación del genoma entero se completó posteriormente para las muestras. El análisis de todo el genoma mostró que esta cepa de PRRSv (OH28372) tiene un 92% o incluso menor similitud de nucleótidos con las secuencias publicadas en GenBank, incluyendo XW001 y NADC30. El gen ORF5 de OH28372 tiene un 96% de similitud de nucleótidos con las otras secuencias en GenBank. Además, OH28372 tiene una deleción de 13 nucleótidos en la región 3’ no traducida. De acuerdo con el análisis genómico, el estudio filogenético del genoma completo mostró que OH28372 está estrechamente relacionado con las cepas recientes de EE.UU. (XW001 y NADC30) bajo el linaje norteamericano.

Este estudio destaca la importancia de la vigilancia continuada de la evolución de PRRSv utilizando la secuencia genómica.