La vacunación contra la influenza porcina causa diferentes patrones evolutivos tras la infección experimental

Los virus de la influenza tipo A pueden infectar a una gran variedad de especies de aves y mamíferos. Su genoma se caracteriza por 8 segmentos de ARN monocatenario. La baja actividad correctora de sus polimerasas y el reordenamiento genómico entre diferentes subtipos del virus de la influenza A les permiten evolucionar continuamente, lo que constituye una constante amenaza para la salud humana y animal. En 2009, una pandemia de un virus de la influenza A puso de manifiesto la importancia del hospedador porcino en la adaptación de estos virus entre humanos y aves. La población porcina y la incidencia del virus de la influenza A en cerdos están en constante crecimiento. En estudios previos, a pesar de la vacunación, se comprobó el crecimiento y la evolución del virus de la influenza A en cerdos vacunados y desafiados. Sin embargo, no se ha estudiado suficientemente cómo la vacunación puede impulsar la dinámica evolutiva del virus de la influenza A porcina tras la coinfección con dos subtipos. En el presente estudio, cerdos vacunados y no vacunados fueron desafiados por contacto directo con cerdos inoculados con virus de la influenza A porcina independientes de H1N1 y H3N2. Se recogieron diariamente muestras de hisopos nasales y el día de la necropsia también se recogió líquido de lavado broncoalveolar de cada cerdo para la detección del virus de la influenza A porcina y la secuenciación del genoma completo. En total, se obtuvieron 39 secuencias del genoma completo del virus de la influenza A porcina mediante secuenciación de nueva generación a partir de muestras recogidas de ambos grupos experimentales. Posteriormente, se llevaron a cabo análisis genómicos y evolutivos para detectar tanto reordenamientos genómicos como variantes de un solo nucleótido.

En cuanto a los segmentos encontrados por muestra, la presencia simultánea de segmentos de ambos subtipos fue mucho menor en los animales vacunados, lo que indica que la vacuna redujo la probabilidad de eventos de reordenamiento genómico. En relación con la diversidad intrahospedador del virus de la influenza A porcina, se detectaron un total de 239 y 74 variantes de un solo nucleótido dentro de los subtipos H1N1 y H3N2, respectivamente. Se encontraron diferentes proporciones de sustituciones sinónimas y no sinónimas, lo que indica que la vacuna puede estar influyendo en el principal mecanismo que configura la evolución del virus de la influenza A porcina, detectándose selección natural, neutra y purificadora en los diferentes escenarios analizados. Se detectaron variantes de un solo nucleótido a lo largo de todo el genoma del virus de la influenza A porcina con importantes sustituciones no sinónimas en polimerasas, glicoproteínas de superficie y proteínas no estructurales, que pueden tener un impacto en la replicación del virus, la evasión del sistema inmunitario y la virulencia del virus, respectivamente.

El presente estudio pone aún más de relieve la inmensa capacidad evolutiva del virus de la influenza A porcina, en escenarios de infección natural y presión vacunal.