Secuencia completa del genoma de un nuevo Senecavirus A aislado de un cerdo asintomático en China

Senecavirus A (SVA) es un virus ARN monocatenario de sentido positivo que pertenece al género Senecavirus, familia Picornaviridae. La primera cepa SVA, SVV-001, se identificó como contaminante en el sobrenadante de la línea celular PER.C6. En Canadá se descubrió por primera vez que el SVA causa la enfermedad vesicular idiopática porcina, que produce erosión y vesículas en el hocico y cavidad oral del cerdo. Desde entonces, se han informado detalladamente algunos brotes en Estados Unidos, Brasil, China, Tailandia y Colombia.

Desde la primera aparición de SVA en China en 2015, no ha habido informes sobre aislados de SVA en cerdos sin ningún signo clínico, solo de líquido vesicular. En este estudio se determina una nueva secuencia completa del genoma de la cepa GX2018-92 de SVA, que se aisló de un cerdo asintomático en un matadero de China en junio de 2018. Esta muestra no mostró ningún cambio patológico y se verificó como positivo para ARN de SVA mediante PCR con transcripción inversa (RT-PCR). A continuación, se inoculó el sobrenadante filtrado en células BHK y se realizaron tres pases ciegos y seriados hasta que se observó un efecto citopático. El virus se purificó mediante un ensayo de formación de placas y el ARNm se extrajo usando TRIzol (Thermo Fisher, EEUU). La RT-PCR se llevó a cabo utilizando un kit de RT-PCR PrimeScript One-Step (TaKaRa Bio, Inc., Japón) junto con 8 cebadores emparejados (diseñados de acuerdo con las secuencias de la cepa SVV-001 [número de acceso GenBank NC_011349] y una cepa china [número de acceso GenBank MF893200]) para amplificar todo el genoma de SVA.

Los productos de la PCR se clonaron y secuenciaron (Sangon, China). Las secuencias terminales 5 'y 3' se determinaron utilizando un kit para la amplificación rápida de los extremos cDNA (RACE; 3′ RACE y 5′ RACE). Todos los fragmentos fueron amplificados y secuenciados tres veces en ambas direcciones, y DNAStar ensambló las lecturas para construir un genoma casi completo de la cepa GXT2018-92 de SVA.

Esta cepa consta de 7.280 nucleótidos (nt) y tiene una estructura similar a la de otros virus de la familia Picornaviridae. Se compone de una región no traducida (UTR) 668-nt 5′, una UTR 66-nt 3′ y un marco abierto de lectura (ORF) que mapea desde las posiciones 659 a 6546 y codifica una poliproteína de 2.182 aminoácidos. La poliproteína se compone de una proteína líder (L), cuatro proteínas estructurales (VP4, VP3, VP2 y VP1) y siete proteínas no estructurales (2A, 2B, 2C, 3A, 3B, 3C y 3D). El análisis filogenético indicó que GXY2018-92 estaba más estrechamente relacionado con las cepas chinas KY419132 y KY747510 que con cualquier otra cepa SVA en GenBank. Aunque el virus GXT2018-92 se aisló de una muestra de cerdo con infección subclínica, este no pertenece a una rama evolutiva diferente a otras cepas que pueden causar síntomas vesiculares. La secuencia del genoma de GXY2018-92 compartió un 97,7% y un 93,2% de identidad a nivel de nucleótidos con las de las cepas SVA SVA/HLJ/CHA/2016 (número de acceso GenBank KY419132) y SVV-001 (número de acceso GenBank NC_011349), respectivamente. Comparte mayor homología con la cepa clásica SVV-001, lo que indica que las mutaciones de nucleótidos de la cepa epidémica han seguido evolucionando.

En conclusión, estos datos del genoma para GXT2018-92 facilitarán la comprensión de las características moleculares evolutivas de SVA.