Plasticidad genómica del virus de la influenza A H1N1 triple recombinante durante la infección de cerdos vacunados

Para conocer mejor la evolución de los virus de la influenza A (IAVs) durante la infección de cerdos vacunados, infectamos experimentalmente un cerdo no expuesto de 3 semanas de vida con un IAV  H1N1 triple recombinante y lo alojamos en contacto directo con un grupo de cerdos vacunados de la misma edad (n = 10).

Indexamos la diversidad genética y la evolución del virus a nivel intra-hospedador mediante la secuenciación profunda de todo el genoma a partir de hisopos nasales recogidos en dos muestreos separados durante la infección. Obtuvimos 13 metagenomas de IAV a partir de 13 muestras, que incluían el virus inóculo y dos muestras de cada uno de los seis cerdos que resultaron positivos a IAV durante el estudio. La infección produjo una población de alelos heterogéneos (variantes secuenciales) que era dinámica en el tiempo. En conjunto identificamos 794 polimorfismos entre todas las muestras, que se distribuyeron en 327 alelos, 214 de los cuales eran secuencias únicas. Se trasladaron un total de 43 proteínas de hemaglutinina distintas, dos de las cuales se observaron en múltiples cerdos, mientras que se conservó la neuraminidasa (NA) y sólo se encontró una NA dominante durante todo el estudio. La diversidad genética de IAVs cambió dinámicamente en y entre los cerdos. Sin embargo, la mayoría de las substituciones observadas en los segmentos internos de los genes eran sinónimos.

Nuestros resultados evidencian una destacable diversidad de IAV y la compleja, rápida y dinámica evolución de IAV durante la infección de cerdos vacunados que sólo puede ser apreciada con muestras repetidas de animales individuales y análisis secuenciales profundos.