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En algunas regiones donde la fiebre aftosa es una enfermedad endémica o bien en zonas de riesgo se practica la vacunación. No obstante, la vacunación no es completamente satisfactoria ya que los serotipos varían y la inmunidad dura sólo 8 meses aproximadamente. Además, los cerdos tienen una menor respuesta comparado con las vacas y requieren una mayor dosis de antígenos.
En las regiones que normalmente se encuentran libres de fiebre aftosa, la erradicación de la enfermedad mediante el sacrificio masivo resulta más barata que una vacunación regular aplicada de forma indefinida. Además, si las vacunas se utilizan de forma rutinaria, las regiones donde se usan pierden su status de zona libre de fiebre aftosa, lo cual afecta de forma negativa sobre el comercio internacional.
En algunos países donde se ha adoptado la política de sacrificar a los animales, puede vacunarse a los animales que se encuentran en el área circundante del foco para prevenir la propagación lateral. El problema es la dificultad en detectar los portadores sanos vacunados.
Los países libres de la enfermedad deben controlar la importación de los animales de pezuña hendida y sus productos cárnicos y derivados. La carne deshuesada es segura pero la médula ósea y las vísceras no. Si se utilizan sobras de comida para alimentar a los cerdos deben haberse hervido. Algunos países tienen prohibido alimentar a los animales con las sobras de comida.
Cuando aparece un brote de fiebre aftosa en una región libre, una vez se han sacrificado y eliminado a los animales, los locales deben ser desinfectados y permanecer vacíos durante varias semanas.
Se deben localizar e inspeccionar y si es posible analizar los animales de pezuña hendida que hayan podido estar en contacto con los animales presentes en el foco de infección.
Se deben establecer áreas de inmovilización de los animales alrededor de los focos y examinar regularmente las explotaciones que se encuentren en estas áreas. Las zonas de inmovilización presentan, en algunas granjas, problemas debido a la acumulación de animales. En algunos casos se permite trasladar a los animales sanos al matadero más próximo y a algunos animales, tales como las ovejas gestantes próximas al parto, a zonas más confortables.
