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Estudios previos en animales productores de alimentos han relacionado el uso de antimicrobianos (AMU) y las resistencias (AMR) en especies bacterianas específicamente aisladas. Los datos de varios países son escasos y solo describen las diferencias entre países. En este estudio se investigan las asociaciones entre el resistoma móvil fecal porcino y las características a nivel de granja en toda Europa. Se realizó un estudio transversal entre 176 granjas porcinas convencionales de nueve países europeos. Se recogieron veinticinco muestras fecales de cerdos de engorde por granja y se determinaron los resistomas adquiridos utilizando metagenómica de escopeta y la base de datos de referencia Resfinder, es decir, la colección completa de genes AMR adquiridos horizontalmente (ARG). Se calcularon genes de resistencia a fragmentos normalizados por kilobase de referencia por millón de fragmentos bacterianos (FPKM). Se recogieron datos específicos a nivel de granja (AMU, bioseguridad). Metanálisis de efectos aleatorios se realizaron por país, relacionando los datos a nivel de granja con las abundancias relativas de ARG (FPKM).
AMU total durante el engorde se relacionó positivamente con ARG total (FPKM total). Se observaron asociaciones positivas particularmente entre macrólidos y tetraciclinas ampliamente utilizados y las ARG correspondientes a las clases antimicrobianas respectivas. No se encontraron asociaciones significativas de AMU-ARG para β-lactámicos y solo se encontraron pocos ARG de colistina, a pesar del alto uso de estas clases de antimicrobianos en cerdos más jóvenes. El aumento de la bioseguridad interna se relacionó directamente con una mayor abundancia de ARG que codifican principalmente la resistencia a los macrólidos. Estos efectos de la bioseguridad fueron independientes de AMU en modelos mutuamente ajustados.
El uso de datos del resistoma en estudios de asociación no tiene precedentes y agrega precisión y nuevos conocimientos a las asociaciones AMU-AMR previamente observadas. Los componentes principales del resistoma porcino se asocian de forma positiva e independiente con AMU en la granja y las condiciones de bioseguridad.
Van Gompel L, Luiken REC, Sarrazin S, et al. The antimicrobial resistome in relation to antimicrobial use and biosecurity in pig farming, a metagenome-wide association study in nine European countries. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2019; 74(4): 865–876. https://doi.org/10.1093/jac/dky518