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La importancia de la microbiota en el tracto gastrointestinal de los animales es reconocida por jugar un papel crítico en la salud del huésped. Recientemente, se ha reconocido también la importancia del micobioma, pero los estudios son limitados, especialmente en cerdos. El destete es un momento de estrés, cambios en la dieta y una predisposición a las infecciones, lo que lo convierte en un momento de interés para la industria. En este estudio piloto se intentó evaluar y caracterizar el micobioma en las heces de los cerdos desde el nacimiento y tras el destete para investigar la población de micobiomas y su dinámica temporal en las heces de los lechones.
Las muestras fecales cultivadas mostraron un aumento significativo en la carga fúngica después del destete, que no difirió de los niveles en los animales adultos, lo que sugiere una colonización estable. No se encontraron hongos cultivables en ninguna muestra ambiental analizada como agua, alimentos o leche o calostro de las cerdas. Para determinar la diversidad fúngica presente y abordar el problema de los hongos no cultivables, se realizó un estudio piloto utilizando cebadores para ITS y 16S rRNA para la secuenciación de alto rendimiento de especies fúngicas y bacterianas, respectivamente. La diversidad de las poblaciones bacterianas aumentó a lo largo del periodo experimental (d 1-35 después del nacimiento) mientras que las poblaciones de hongos no mostraron la misma tendencia temporal. Tras el destete hubo un cambio dinámico en las heces a una población dominada por Saccharomycetaceae. El cambio en la población de hongos se debió al predominio de Kazachstaniaslooffiae, un colonizador mal caracterizado del tracto gastrointestinal de los animales.
Summers KL, Frey JF, Ramsay TG, Arfken AM. The piglet mycobiome during the weaning transition: a pilot study. J Anim Sci. 2019 May. https://doi.org/10.1093/jas/skz182