Predicción bioinformática en la determinación de epítopos del virus del PRRS
Díaz I, Pujols J, Ganges L, Gimeno M, Darwich L, Domingo M, Mateu E. In silico prediction and ex vivo evaluation of potential T-cell epitopes in glycoproteins 4 and 5 and nucleocapsid protein of genotype-I (European) of porcine reproductive and respiratory syndrome virus. Vaccine. 2009 Sep 18;27(41):5603-11.
07-may-2010 (hace 14 años 6 meses 20 días)Investigadores del CReSA han descrito por primera vez regiones antigénicas del vPRRS reconocidas por células T mediante la aplicación de herramientas bioinformáticas y posterior análisis inmunológico. Los resultados obtenidos contribuyen a mejorar el conocimiento de la respuesta inmune celular frente al virus.
Aplicar la metodología clásica, es decir sintetizar y analizar centenares de péptidos solapados a lo largo de todo el genoma del vPRRS supone una tarea ardua y costosa económicamente mientras que realizar una predicción de dicha localización utilizando herramientas bioinformáticas es extremadamente barato, ayuda a realizar a priori una primera criba y, por tanto, restringe notablemente el número de péptidos que se deben sintetizar y examinar en el laboratorio.
Por esta razón, investigadores del CReSA seleccionaron in silico como posibles epítopos un total de 14 péptidos a partir de las secuencias de las ORFs 4, 5 y 7. Posteriormente, éstos fueron sintetizados y evaluados en el laboratorio. Estos péptidos fueron escogidos por presentar una mayor puntuación en todas las herramientas bioinformáticas aplicadas, y por tanto, por ser a priori los que tenían una mayor probabilidad de ser inmunológicamente relevantes. Con el objeto de detallar con mayor precisión la localización de los epítopos y aumentar la especificidad de las pruebas, se evaluaron las respuestas celulares frente a estos péptidos (medición de IFN-γ) en muestras procedentes de cerdos vacunados con una vacuna comercial y también en cerdos vacunados con vacunas de ADN de las ORFs 4, 5 y 7.
La metodología aplicada se mostró util ya que 8 de los 14 péptidos finalmente sintetizados fueron reconocidos en el ensayo inmunológico (57%). Se han localizado nuevos epítopos de células T en el virus, tanto en la proteína N (ORF 7) como, en un menor grado, en la GP4 (ORF 4) y en la GP5 (ORF 5). Usando un amplio banco de datos de secuencias del virus, en la que se incluyeron tanto cepas pertenecientes a los subtipos del genotipo I (europeo) como cepas del genotipo II (americano), se ha demostrado que algunos de los epítopos descritos son comunes a todas las cepas y que, por tanto, deberán considerarse en la creación futura de vacunas de tercera generación.
Aplicar la metodología clásica, es decir sintetizar y analizar centenares de péptidos solapados a lo largo de todo el genoma del vPRRS supone una tarea ardua y costosa económicamente mientras que realizar una predicción de dicha localización utilizando herramientas bioinformáticas es extremadamente barato, ayuda a realizar a priori una primera criba y, por tanto, restringe notablemente el número de péptidos que se deben sintetizar y examinar en el laboratorio.
Por esta razón, investigadores del CReSA seleccionaron in silico como posibles epítopos un total de 14 péptidos a partir de las secuencias de las ORFs 4, 5 y 7. Posteriormente, éstos fueron sintetizados y evaluados en el laboratorio. Estos péptidos fueron escogidos por presentar una mayor puntuación en todas las herramientas bioinformáticas aplicadas, y por tanto, por ser a priori los que tenían una mayor probabilidad de ser inmunológicamente relevantes. Con el objeto de detallar con mayor precisión la localización de los epítopos y aumentar la especificidad de las pruebas, se evaluaron las respuestas celulares frente a estos péptidos (medición de IFN-γ) en muestras procedentes de cerdos vacunados con una vacuna comercial y también en cerdos vacunados con vacunas de ADN de las ORFs 4, 5 y 7.
La metodología aplicada se mostró util ya que 8 de los 14 péptidos finalmente sintetizados fueron reconocidos en el ensayo inmunológico (57%). Se han localizado nuevos epítopos de células T en el virus, tanto en la proteína N (ORF 7) como, en un menor grado, en la GP4 (ORF 4) y en la GP5 (ORF 5). Usando un amplio banco de datos de secuencias del virus, en la que se incluyeron tanto cepas pertenecientes a los subtipos del genotipo I (europeo) como cepas del genotipo II (americano), se ha demostrado que algunos de los epítopos descritos son comunes a todas las cepas y que, por tanto, deberán considerarse en la creación futura de vacunas de tercera generación.