Análisis genético molecular de PCV2

Artículo

J Gen Virol. 2015 Jul;96(Pt 7):1830-41. doi: 10.1099/vir.0.000100. Epub 2015 Feb 23. Global molecular genetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) sequences confirms the presence of four main PCV2 genotypes and reveals a rapid increase of PCV2d. Xiao CT, Halbur PG, Opriessnig T.

¿Qué se estudia?

Se analizaron y compararon 1.680 ORF2 (open reading frame 2) de PCV2 utilizando distintos métodos estadísticos para evaluar la relación filogenética de las cepas de PCV2.

¿Cómo se estudia?

Se realizaron análisis filogenéticos de 1.537 secuencias génicas ORF2 de PCV2 que se habían publicado de forma previa a febrero de 2014 en “GenBank” (una base de datos genómicos mundial de internet), y 143 secuencias ORF2 adicionales procedentes de la base de datos del Laboratorio diagnóstico de la universidad estatal de Iowa (en total 1.680 secuencias ORF2).

¿Cuáles son los resultados?

El estudio confirmó que PCV2 puede dividirse en 4 subtipos principales: PCV2a, PCV2b, PCV2c y PCV2d. Además, los autores describieron 6 clados intermedios más pequeños entre estos subtipos. Uno de estos clados intermedios parece limitarse a Asia. Sin embargo, se han descrito cepas de este clado de un modo constante, por lo que puede considerarse un clado activo. Los otros clados intermedios incluyen un número muy limitado de cepas por lo que pueden considerarse inactivos. Pueden representar pequeños grupos extintos de cepas que mostraron poca vitalidad, cepas intermedias de la evolución del virus o artefactos de los análisis. PCV2c parece ser un grupo extinto de virus. La afiliación de cepas individuales a diferentes genotipos y clados intermedios depende a veces del modelo estadístico utilizado y del número de cepas de referencia utilizadas en el análisis.

Los resultados también confirman que ha habido dos grandes cambios de un subtipo a otro: en 2003, antes del uso de las vacunas frente a PCV2, se cambió de PCV2a a PCV2b y el segundo cambio fue de PCV2b a PCV2d, que en EEUU se produjo principalmente entre 2011 y 2014.

Los análisis filogenéticos adicionales sugieren que tanto PCV2b como PCV2d han evolucionado independientemente entre sí desde hace más de 20 años. Dentro de cada subtipo se detecta una divergencia genética gradual. El motivo por el que PCV2 tiene una elevada tasa de mutación y tanta diversidad genética, poco frecuente en los virus DNA, es desconocido. Tampoco se conocen las causas de la constante aparición de cepas ni de los cambios de genotipos observados. El primer cambio sucedió antes de la introducción de las vacunas frente a PCV2.

¿Qué conclusiones se extraen de este trabajo?

Este estudio demuestra que PCV2 evoluciona mucho más rápido y es muy diverso en comparación con otros virus DNA. La industria porcina debe mantenerse alerta, monitorizar la evolución de PCV y determinar su relevancia para el control de PCVD.

La visión desde el campo por Enric Marco No paramos de aprender y sorprendernos. Habíamos aprendido que los virus DNA eran mucho más estables que los RNA y por ello su evolución era menos dinámica. Sin embargo, en lo que respecta a PCV2 no parece ser así, si tenemos en cuenta que es un virus que conocemos desde hace poco tiempo (la primera secuencia es de muestras de 1967), la verdad es que no ha parado de evolucionar. Su genotipo no ha parado de cambiar, si bien el significado de ésta dinámica en términos prácticos o aplicativos no está claro. De las conclusiones del artículo parece desprenderse la sospecha de que la mayor presencia del genotipo PCV2d estaría relacionada con el uso extendido de las vacunas, pues la mayoría de sus aislamientos proceden de muestras tomadas de explotaciones con problemas, a pesar de estar usando la vacuna. Esta coincidencia ha hecho circular la creencia, en algunos colectivos de técnicos, que las vacunas no protegerían igual frente a todos los tipos genéticos descubiertos de PCV2. No obstante, creo que es justo decir que el artículo no afirma esto en ningún momento. De hecho, uno de sus mismos autores ha publicado más de un artículo demostrando la efectividad de las vacunas comerciales basadas en el genotipo PCV2a frente a los otros, incluyendo el PCV2d. No debería asombrarnos que la mayoría de los nuevos aislamientos genotipados sean a partir de muestras de granjas con problemas, a pesar de estar vacunando sus animales. Si no hay problemas, tampoco hay necesidad de tomar muestras. De otra parte, es altamente probable que granjas con problemas estén aplicando la vacuna comercial. Cuando nos encontramos con situaciones donde los cerdos presentan sintomatología sugestiva de circovirosis, la vacunación es la primera medida que todos aplicamos (antes de realizar incluso ninguna prueba diagnóstica) y cuando ya se está aplicando, comprobamos que se esté haciendo correctamente, pues la eficacia de las vacunas es tal, que nos sorprende que pueda estar fallando. El artículo evidencia la potencia de las pruebas diagnósticas de que disponemos hoy en día. Pruebas que nos permiten detectar pequeños cambios en el genoma de un virus y que, a pesar de las limitaciones, nos permiten establecer incluso cronologías en la aparición de tales cambios, pudiendo establecer relaciones de cercanía o lejanía genética entre los distintos aislados. Pero por desgracia, la relación concreta entre genotipo y fenotipo no siempre se conoce y este es uno de esos casos. Los cambios genéticos pueden o no estar relacionados con cambios en patogenia y/o antigénicos, pero por el momento y en este caso concreto lo desconocemos. Tendremos que esperar a que la ciencia avance y consiga aclararnos las dudas que todavía tenemos alrededor del PCV2.