La producción animal ha ido incorporando las tecnologías moleculares que se han desarrollado para humanos y los test de paternidad han ido adquiriendo un uso cada vez más frecuente en porcicultura. Hasta ahora la técnica más utilizada se basa en los marcadores moleculares de microsatélites y la técnica más frecuente para la determinación de su polimorfismo es el análisis de fragmentos. Estos marcadores son repeticiones de entre 2 y 6 pares de bases que, aunque no transcriben para ninguna proteína, varían en el número de repeticiones entre individuos y tienen, a ambos lados, secuencias constantes en todos los individuos de una especie. Estas secuencias flanqueantes se usan para diseñar los cebadores de una PCR y luego, mediante un secuenciador, “contamos” el número de repeticiones que tiene un individuo para cada microsatélite en concreto. Cada animal recibe un número de repeticiones de su madre y otro de su padre. Combinando un determinado número de microsatélites conseguiremos un perfil que nos permitirá diferenciar animales o asignarles paternidad o maternidad comparándolos con otros animales.
Pero, ¿para que querríamos hacer este tipo de test? Uno de los principales motivos es que, para asegurar una buena fertilidad, la IA suele utilizar dosis poliespérmicas (que mezclan semen de varios verracos). Por lo tanto es prácticamente imposible conocer la paternidad de cada lechón siendo muy difícil saber si un verraco está introduciendo alguna alteración (morfológica o patológica) en las poblaciones. Esto se ha amplificado desde que el desarrollo de ciertas técnicas reproductivas ha reducido el número de verracos de los centros de inseminación artificial. Por tanto, cada verraco tiene influencia sobre un mayor número de cerdas y por ende sobre un mayor número de lechones. Afortunadamente, el ADN de cada animal es único y esto nos permite determinar mediante técnicas moleculares qué verraco es el padre de cada lechón.
Algunos de los usos aplicados que hemos hecho de estos test son:
Hay que aclarar que muchas de estas alteraciones son claramente poligénicas y las madres tienen gran influencia, pero es más fácil y barato testar a los verracos que a todas las reproductoras. Por eso, cuando determinamos que cierto verraco está influyendo en una población concreta es recomendable no usar dicho verraco con las cerdas de esa población, aunque podría ser que en otro grupo de cerdas no produzca ningún tipo de efecto.
También hay que decir que los marcadores moleculares avanzan a una velocidad vertiginosa y ya estamos cerca de poder usar de forma aplicada marcadores con mayor capacidad de resolución que los microsatélites, aunque aún deben abaratarse para este propósito.