Nuevo coronavirus similar a Bat-HKU2 en cerdos en China

Desde diciembre de 2010 han aparecido brotes a gran escala de diarrea en lechones lactantes en toda China, y la vacunación contra la PEDV ha sido relativamente eficaz para la prevención de la diarrea. Sin embargo, en febrero de 2017, se produjeron brotes de diarrea severa en explotaciones de cerdos vacunados contra la PEDV en Guangdong, China. Todos los cerdos enfermos mostraron diarrea acuosa severa, y su aparición clínica se produjo unos días más tarde que aquellos infectados con PEDV. En pruebas iniciales no se detectó PEDV, virus de la gastroenteritis transmisible, rotavirus porcino A o deltacoronavirus porcino. Además, las cerdas recuperadas no mostraron anticuerpos seroneutralizantes contra PEDV.

Para investigar el posible patógeno causante o los patógenos que causaron esta reciente diarrea severa en lechones lactantes, se obtuvieron excretas de 32 lechones recién nacidos enfermos de 3 granjas. Los lechones de 5 días se dividieron en 4 grupos de 5 cada uno (3 grupos según el origen de las excretas, más 1 grupo de control). Se inoculó a cada animal con 5 ml de excreta por vía oral. Tras 2 días, todos los animales inoculados exhibieron síntomas clínicos similares, incluyendo diarrea y deshidratación. Después de ensamblar y mapear las lecturas de secuenciación, se obtuvo una secuencia completa del genoma de la cepa PEAV GDS04. El genoma completo de la cepa GDS04 PEAV comparte altas identidades de nucleótidos (≈95%) con las cepas bat-HKU2 informadas. El análisis filogenético basado en el genoma completo de GDS04 y representantes de 4 géneros de coronavirus establecidos, incluidos los coronavirus humanos y de murciélago, demostró que GDS04 se agrupa con coronavirus tipo murciélago. De acuerdo con el árbol filogenético, la posición de GDS04 está entre HKU2 y BtRf alfacoronavirus. La cepa HKU2 se identificó en Hong Kong y la provincia de Guangdong, China, en 2007, y la cepa de alfacoronavirus BtRf se detectó en China en 2012. Sobre la base de un análisis comparativo exhaustivo de los genomas de varios grupos de coronavirus, se clasificó al GDS04 como un alfacoronavirus.

Se diseñaron cebadores específicos del gen n para la detección de la cepa GDS04. Mediante el uso de PCR de transcripción inversa con estos cebadores, se encontró que 97 de las 308 muestras clínicas intestinales o fecales fueron positivas para GDS04. Se recogieron todas las muestras clínicas de 25 granjas en la provincia de Guangdong durante febrero-abril de 2017 y se utilizaron 20 muestras de lechones vacunados sanos como controles negativos.

Este estudio presenta datos preliminares sobre la detección de un nuevo virus de tipo coronavirus, PEAV. Se cree que el PEAV es responsable de la diarrea endémica más reciente en las explotaciones porcinas del sur de China. El aislamiento del virus y las pruebas serológicas están en curso. El brote del virus recientemente descubierto surgió entre cerdos con diarrea severa en granjas de cría de cerdos en el sur de China, lo que sugiere que los brotes regionales de diarrea podrían contribuir a la aparición de nuevos virus pandémicos. Se requiere una amplia vigilancia para GDS04 PEAV para definir su epidemiología y evolución.