La AFLP distinguió las cepas de Y. enterocolitica según su biotipo, dividiéndolas en dos clusters distintos: cluster A, abarcando en gran parte los supuestos biotipos patógenos (BT2 a -4), y el cluster B, abarcando las supuestas cepas no patógenas del biotipo 1A y un solo aislado de BT1B. Dentro de estos dos clusters se formaron subclusters en base al serotipo. Sin embargo, los perfiles del AFLP permitieron también la diferenciación de cepas dentro de estos subclusters relacionados por serotipo, indicando el elevado poder discriminatorio de la técnica para Y. enterocolitica. La investigación sobre la relación entre el perfil AFLP de la cepa y el huésped confirmó que los cerdos son fuentes potenciales de infección en humanos. Sin embargo, los resultados sugieren que algunas cepas causantes de enfermedad en humanos pueden proceder de fuentes veterinarias aún no identificables. La distribución de algunos aislados de BT1A en el cluster A cuestiona la relación entre el potencial de virulencia y el biotipo.
C. Fearnley, S.L.W. On, B. Kokotovic, G. Manning, T. Cheasty and D.G. Newell. Application of Fluorescent Amplified Fragment Length Polymorphism for Comparison of Human and Animal Isolates of Yersinia enterocolitica. Applied and Environmental Microbiology. 2005. Vol. 71 (9): 4960-4965.