Un estudio mostró que la PCR tuvo una correlación del 94% con el "bioensayo porcino", que detecta el virus activo en el semen de los verracos, indicando que la mayoría del tiempo, la PCR no detecta el virus replicante. Los iniciadores escogidos para la prueba son un punto importante en determinar si un agente infeccioso se detectará o no. Los iniciadores del ORF 7 se utilizan para el virus del PRRS ya que detectan más aislamientos. Sin embargo, los iniciadores pueden no detectar las cepas de los virus europeos. Estudios recientes han demostrado también que el virus del PRRS se puede encontrar en los tejidos durante más tiempo que en suero, semen o en las células mononucleares periféricas.
Una desventaja de la PCR es que es muy laboriosa y requiere técnicos muy especializados, además, debido a la elevada sensibilidad, la PCR puede dar falsos positivos.
Christopher-Hennings, J: Molecular diagnostics for the swine industry: What is available and how they work. Proceedings, American Association of Swine Veterinarians 32 annual : Suppl. PRRS Diagnostics, 1-12, 2001.